蛋白等电点预测是6.5，应该选阴离子柱，但是目的蛋白和一些杂蛋白都穿过。但用阳离子CM柱后却能挂柱，经洗脱后纯度很好。请问这该如何解释?

这个很正常，这个蛋白用阴柱或者阳柱都可以，因为它的等电点在中性，所以都可以用，至于穿过也许pH不够高，或者吸附力弱，再不就是预测有偏差。