Agarose抑制DNA与吸附材料的结合，将不含DNA片段的Agarose切除，能显著提高回收效率。DNA结合到吸附材料，需要一定浓度的结合剂，Agarose多了，结合剂(Solution Sn) 的相对浓度就会下降，回收率就受到影响。大多数情况下，由于电泳时琼脂糖的浓度不同，切下的胶块有大有小，得率自然不同。回收的得率还与回收片段的大小有关，提高结合剂的相对浓度，增加DNA与吸附材料作用时间，控制好离心速度都可以在一定程度上提高得率。改善洗脱条件，如提高洗脱溶液的pH值、温度、增加洗脱液的体积等也可以提高得率，但如果pH过高，可能会影响下游反应，通常情况下来用pH8-8.5为宜。